เราจะตื่นขึ้นมาในตอนเช้า ซึ่งวิสเปอร์ก็จะบอกกับเราว่า ยังติดใจกับเรื่องที่เห็นในลูกแก้วของแดรกกี้อยู่ (Episode 10 : The Checkup of Doom) ในเรื่องที่จะมีโยไคที่ชั่วร้ายบุกมายังโลก เพราะการที่โยไคจะมายังโลกได้นั้น จะต้องได้รับอนุญาตจากท่านเอ็นม่าเสียก่อน มันจะต้องเกิดเรื่องร้ายแรงขึ้นแน่ๆ พวกโยไคที่ชั่วร้ายถึงจะข้ามมายังโลกมนุษย์ได้
ระหว่างที่เราคุยกับวิสเปอร์ แม่เราก็จะเข้ามาบอกว่า มีเพื่อนมาหา ซึ่งก็คือลูคัสนั่นเอง (เราเคยเจอลูคัสแล้วในเนื้อเรื่อง Episode 7 : Kyubi the Bully) ลูคัสจะบอกกับเราว่า ตัวเค้ามองเห็นและได้ยินวิสเปอร์ด้วย ที่มาในวันนี้เพราะ ได้ฝันว่าเราและลูคัส ได้ไปยังสถานที่ที่เรียกว่า Yo-Kai World ซึ่งจะอยู่ที่ป่าหลังโรงเรียน ตัวลูคัสเอง มีกุญแจที่เก็บไว้ตั้งแต่เด็กๆ น่าจะเป็นกุญแจที่ใช้ในการเปิดประตูไปสู่โลกของโยไคได้
ลูคัสจะจำเรื่องราวที่เกิดขึ้นในอดีตไม่ค่อยได้ จึงอยากให้เราช่วยไปเป็นเพื่อน ในการหาข้อมูลที่เค้าฝันเห็น ซึ่งจุดที่ลูคัสฝันเห็นก็คือ ต้นไม้แห่งความลับ ที่เราได้ปลดปล่อยวิสเปอร์ออกมาในตอนแรกนั่นเอง
ออกจากบ้านแล้วตรงไปยังต้นไม้แห่งความลับกันเลย เมื่อมาถึงแล้ว ลูคัสจะบอกว่าที่นี่แหละที่เค้าฝันเห็น วิสเปอร์จะทำอะไรบางอย่างแถวๆต้นไม้ แล้วจะมีป้ายหินโผล่ขึ้นมา ซึ่งก็คือจุดที่ลูคัสจะใช้กุญแจเปิดประตูลิฟต์ เพื่อที่จะเข้าไปยังโลกของโยไค เมื่อลูคัสไขกุญแจแล้ว ก็จะมีโยไคสาวออกมาต้อนรับพวกเรา และพาเราเข้าลิฟต์ไปยังโลกของโยไค
เมื่อเรามาถึงโลกของโยไคแล้ว ให้เราเดินเข้าประตูที่อยู่ด้านหน้าเรา ที่ด้านในเราจะเจอกับโยไคที่เคยช่วยเราเอาไว้ (Venoct) เค้าจะต่อว่าเราว่า เอาลูคัสมาที่นี่ทำไม ทั้งๆที่เค้าคือความหวังสุดท้าย ที่จะเอาชนะ McKraken (หัวหน้าโยไคฝั่งชั่วร้าย ที่จะพาโยไคมาบุกโลก) และเข้ามาขัดขวางเราไม่ให้เราไปต่อได้ เราจะต้องเอาชนะ Venoct ให้ได้ แล้วเค้าจะเล่าความจริงให้ฟังว่า ท่านเอ็นม่าเพิ่งตายได้ไม่นาน พวกของ McKraken ก็ได้ทำการยึดอำนาจ ซึ่งหลังจากยึดอำนาจในโลกของโยไคแล้ว มันยังไม่พอใจ ยังอยากจะเข้าควบคุมโลกมนุษย์อีก จะมีเพียงนาฬิกาที่เราใช้เท่านั้น ที่จะสามารถช่วยโลกมนุษย์ได้
และหลังจากที่ท่านเอ็นม่าตาย ลูกชายคนเดียว ซึ่งพลังยังไม่ถูกปลุกขึ้นมา ถูกเอาไปซ่อนตัวที่โลกมนุษย์และถูกลบความทรงจำ เพื่อเป็นการปกป้องเด็กจาก McKraken ซึ่งก็หมายถึงลูคัสนั่นเอง แล้วเราก็จะได้ Venoct มาเป็นพวก เพื่อที่จะสามารถสู้กับ McKraken และพวกโยไคที่ชั่วร้ายต่อไปได้
พวกเราทุกคนจะเห็นด้วยในการส่งตัวลูคัสกลับไปยังโลก เพื่อซ่อนตัวจาก McKraken ซึ่ง วีน็อคจะพาลูคัสกลับไปส่ง เดินต่อเข้ามาด้านใน เราจะเจอยักษ์เฝ้าประตูชื่อว่า Gargaros ซึ่งจะแนะนำตัวเองว่า เป็นหนึ่งในผู้ปกป้องท่านเอ็นม่า และเป็นผู้คุมกฏที่เคร่งครัด จะมองเราสักพัก หากเราทำเควสย่อย ได้เยอะประมาณนึง มันก็จะปล่อยให้เราผ่านประตูเข้าไปได้ แต่ถ้าเราไม่ค่อยได้ทำเควสย่อยเลย เราจะถูกไล่ไปอยู่อีกที่ ซึ่งจะต้องหาทางขึ้นมาด้านบนให้ได้
เมื่อเราผ่านประตูแรกเข้ามาแล้ว โยไคที่อยู่ด้านใน บางตัวจะเริ่มโจมตีเรา ให้เราเดินตรงไปยังประตูที่ 2 ได้เลย เราจะเจอกับยักษ์ Ogralus ยืนเฝ้าประตูอยู่ จะบอกให้เราตอบคำถามอย่างซื่อสัตย์ และบอกว่า เค้าจะไม่อนุญาตให้เด็กผ่านไปได้ จากนั้นก็จะถามเราว่า เราเป็นเด็กหรือผู้ใหญ่ (ตัวเลือกจะมีให้เราเลือก 3 ข้อ คือ 1.ผู้ใหญ่ 2.เด็ก 3.กอลิล่า) ให้เราตอบข้อ2 หากตอบข้ออื่นเราก็จะถูกส่งลงไปด้านล่าง แล้วเราก็จะต้องหาทางขึ้นมาด้านบนให้ได้
ต่อไปจะเป็นประตูสุดท้ายกับยักษ์เฝ้าประตูที่ 3 ชื่อว่า Orcanos ยักษ์ตัวนี้จะเป็นยักษ์ที่ขึ้นชื่อเรื่องความแข็งแกร่ง ซึ่งมันจะดูข้อมูลของเราว่า ตั้งแต่ที่เราเล่นมา เราได้สู้ไปทั้งหมดกี่ครั้งแล้ว และถ้าเราสู้ได้มากพอ เราก็จะสามารถเดินผ่านประตูที่ 3 ไปได้เลย
หลังจากผ่านประตูที่ 3 มาแล้ว เดินเข้ามาด้านใน เราจะเจอประตูหมายเลข 0 และจะมีจุดเซพและเติมพลังอยู่ด้านหน้าประตู ให้เราเตรียมตัวให้พร้อมเพราะที่ด้านใน เราจะต้องสู้กับบอส McKraken แล้ว
เมื่อเราเตรียมตัวพร้อมแล้วให้เข้าไปคุยกับบอส McKraken คุยกันสักพักก็จะเข้าสู่โหมดต่อสู้ซึ่งวิธีจัดการบอสคือ ให้เราโจมตีไปที่มือทั้ง 2 ข้างก่อน เพราะมันสามารถดูดพลังของเราได้ แล้วจากนั้นค่อยโจมตีที่หัวมัน ซึ่งในบางครั้ง บอส McKraken กำลังจะใช้ท่าไม้ตาย (ตามรูปด้านบน) เราจะมีเวลา 3 เทิร์น ในการกำจัดหนวดปลาหมึกที่ขวางอยู่ให้หมด หากเราสามารถกำจัดหนวดได้หมดใน 3 เทิร์น บอสก็จะไม่สามารถใช้ท่าไม้ตายได้
เมื่อเราสามารถกำจัดบอสได้แล้ว มันก็จะหนีไป แล้วเราก็จะตกลงกับวิสเปอร์ว่า กลับไปที่โรงเรียนดีกว่า (เพราะได้เอาลูคัสไปซ่อนไว้ที่โรงเรียน) โดยเราสามารถใช้กระจกวาร์ปไปที่ทางเข้า ที่เราเพิ่งลงมาที่โลกของโยไคได้ กลับมาที่โรงเรียน เราจะเห็นลูคัสยืนรอเราอยู่ เมื่อเข้าไปคุย ลูคัสก็จะบอกเราว่า กำลังจะมีบางอย่างที่เลวร้ายมากเกิดขึ้น แล้ววิสเปอร์จะตกใจมาก เพราะจับได้ถึงพลังของโยไคที่รุนแรงกำลังมา
ซึ่งสักพัก Kyubi จะมาปรากฏต่อหน้าเรา และบอกเราว่า ในขณะที่เราลงไปจัดการกับ McKraken สัญลักษณ์ต่างๆในเมืองได้ถูกทำลายเพื่อปลดผนึกเรียบร้อยแล้ว (เราเคยปกป้องสัญลักษณ์ต่างๆมาแล้วครั้งนึงใน Episode 3 : Protect the Seals) และครั้งนี้เราก็จะได้เจอกับบอสตัวเดิมที่เราเคยปราบไปแล้ว นั่นก็คือ Slimamander แต่การกลับมาครั้งนี้ มันจะมีพลังเพิ่มขึ้นจากการปลดผนึก ส่วนวิธีจัดการก็เหมือนเดิมเลย คือ ให้เราโจมตีไปที่ปากที่มีลูกตาอยู่ภายใน จนเราสามารถจัดการมันได้อีกครั้ง
เราจะคุยกับพวกของเราว่า ขนาด Slimamander ยังกลับมาที่นี่ได้ งั้น บอส McKraken ก็ต้องกลับมาได้เหมือนกัน ซึ่งตอนนี้มีโยไคที่ชั่วร้ายบางส่วนได้ข้ามมายังโลกมนุษย์เรียบร้อยแล้วด้วย เราจะถามวิสเปอร์ว่าจะเอายังไงต่อดี วิสเปอร์จะเสนอให้ทำลายลิฟต์ที่ใช้ไปโลกของโยไค เพราะอาจจะเป็นประตูที่พาพวกโยไคชั่วร้ายมายังโลกมนุษย์ ซึ่งเมื่อทำลายลิฟต์แล้ว โยไคทุกตัวบนโลกมนุษย์ก็จะต้องกลับไปที่โลกของโยไคทั้งหมด (รวมถึงโยไคที่เป็นเพื่อนของเราและตัววิสเปอร์เองด้วย) เราจะไม่เห็นด้วย แต่สุดท้ายก็ต้องจำใจทำตามแผนของวิสเปอร์ ซึ่งวิสเปอร์จะบอกต่อไปอีกว่า ก่อนที่เราจะทำลายลิฟต์ เราจะต้องสร้าง สัญลักษณ์ขึ้นมาใหม่ โดยเราจะต้องทำให้ดอกซากุระบาน เพื่อจะคลุมเมืองทั้งเมืองก่อน แล้วเราก็จะได้ไอเท็มที่ทำให้ดอกซากุระบานมา
โดยระหว่างนี้ Kyubi และ Venoct จะไปช่วยจัดการโยไคที่ชั่วร้าย ที่หนีเข้ามยังโลกมนุษย์ด้วย เราก็จะต้องไปโปรยผงที่จะทำให้ดอกซากุระบาน แต่จุดที่เราจะไป จะมีโยไคที่ชั่วร้ายเฝ้าไว้อยู่ ซึ่งเราจะต้องกำจัดมันให้ได้ เราถึงจะสามารถทำให้ดอกซากุระบานได้
เมื่อเราสามารถทำให้ดอกซากุระบานได้ครบทุกที่แล้ว (ทั้งหมด 3 จุด) ก็ให้เรากลับไปยังต้นไม้ศักดิ์สิทธิ์ที่อยู่บนเขาหลังโรงเรียน เราจะเจอบอส McKraken ถูกตรึงอยู่กับต้นไม้ แต่สักพักมันจะบอกกับเราว่า พลังแค่นี้ ไม่สามารถขัดขวางแผนการมันได้หรอก และจะสอนให้รู้จักพลังที่แท้จริงว่าเป็นอย่างไร พร้อมทั้งกลายร่าง แถมยังชักชวนให้พวกเราไปเข้าพวกกับมันอีกด้วย แล้วก็จะเข้าสู่ฉากต่อสู้ โดยวิธีการสู้กับบอสคือ ให้เราโจมตีไปที่ท้องของมัน (ด้านล่าง) เมื่อท้องมันเปิดออก เราจะเห็นว่ามีลูกกลมๆสีม่วงกลิ้งไปมาอยู่ข้างใน ให้เรารีบระดมโจมตีไปที่ลูกสีม่วง พลังมันถึงจะลดลง จนเราสามารถเอาชนะมันได้
สุดท้ายร่างของบอส McKraken ก็จะสลายไป แล้ววิสเปอร์ก็จะบอกกับเราว่ายังเหลืองานสุดท้ายที่จะต้องทำ ก็คือ การปิดผนึกลิฟต์ที่เชื่อมต่อโลกมนุษย์และโลกของโยไค แต่เราจะบอกว่าทำไมจะต้องทำ เพราะเราสามารถเอาชนะ McKraken ได้แล้ว วิสเปอร์ก็จะตอบเราว่า เป็นหลังจากนี้ ที่โลกของโยไคจะต้องเกิดเรื่องวุ่นวายอีกแน่ และกลัวว่าจะเกิดการบุกรุกโลกมนุษย์จากพวกโยไคที่ชั่วร้ายที่ยังเหลืออยู่อีก
เมื่อวิสเปอร์ทำพิธีปิดลิฟต์เชื่อมโลกมนุษย์และโลกโยไคแล้ว พวกโยไคก็จะค่อยๆหายไปทีละตัวพร้อมกับวิสเปอร์และนาฬิกาโยไคของเราด้วย เมื่อโยไคทุกตัวหายไป ในขณะที่เราเดินกลับ เราจะพบว่า เมืองของเรานั้นยังถูกปกป้องด้วยดอกซากุระที่กำลังบานอยู่ทั่วเมือง ซึ่งก็คือสิ่งที่พวกโยไคทำให้เราเป็นอย่างสุดท้าย ก็คือการปกป้องเมืองของเราไว้นั่นเอง
หลังจากที่ End Credit จบ จะมีคัทซีนให้เราดู โดยในเช้าวันหนึ่งหลังจากเหตุการณ์ที่ลิฟต์ถูกปิดผนึก เราซึ่งกำลังจะเดินทางไปโรงเรียน จะรู้สึกถึงความแปลกระหว่างการเดินทาง แต่เมื่อหาคำตอบได้แล้ว พบว่าโยไคที่เป็นเพื่อนเรา ได้กลับมายังโลกของเราอีกครั้ง พร้อมกับปลดล็อคเควสเพิ่มด้วย (เมื่อฉากคัทซีนจบ เราจะต้องเซพเกม แล้วจะมีเนื้อเรื่องตอนสุดท้าย) จบ Episode 11 : Farewell Yo-Kai